本帖最后由 花仙子2008 于 2013-1-6 20:31 编辑
氨基酸、多肽链的等电点的计算(解题示例)
本帖的部分例题内容摘自:网上的发的王镜岩 主编,生物化学(上),高教出版社,2002,第三版的课后习题解答。谢谢解答者!我大致看了一下,把有错的地方给改过来了。氨基酸、多肽链的等电点的计算是令考研和考博考生比较头痛的问题之一,本帖通过具体例题进行详细讲解,是本人直接编辑的。
本来是前天整理好的,准备发到这里,可是此论坛从那时直到今天下午都在升级,无法开放,为了让考研网友们考前能够看到,我只好发到考研加油站的考研论坛去了,贴名与此相同,我在那里的ID是"asuka2013",但是那里对主题贴总是要审查!而且我每次编辑后都还要在被该论坛审查一次(发帖后2小时到8小时才能在被贴出来,我的论文发SCI被接受的时候也没有这样受到如此高强度的审 查!!真的让我很无语。。。)!最让我不爽的是:我把写好的Word贴在那个论坛的“氨基酸、多肽链的等电点的计算(解题示例)”的主题贴里总是莫名其妙地出现不少录入错误,至少有两处错误,我在那里改了三次就是改不过来,改完再发还是原来的错误信息!!----本来我就是临时客串一下!可是我发现有时想真心帮助别人且不求回报也很难!!有没有搞错呀!?因此,我再也不去那里了!!我在这里也只是客串,只不过这里给我的印象好于那里。希望这里不要发生类似的事情。
下面说的解题方法和具体实例:
(一) 氨基酸解离的pH计算的解题方法: 基本方法是用Henderson-Hasselbalch方程,pH=pKa+lg[共轭碱]/[共轭酸,[共轭碱表示共轭碱的摩尔浓度,pKa表示解离常数,大致知道: pKa(coo-)=3.2-3.6, pKa(NH+)=8.0-10.6, 记个大致数字即可,Lg是以10为底的对数。具体就两点: 1.题设中是哪个基团解离就用那个基团的pK,其他深的东西这里不讲,讲多了反而乱。 2.如果分不清共轭酸碱,那么更简单的规则:[共轭碱]/[共轭酸]=[质子受体]/[质子供体]=[氢离子离去后剩下的离子或者分子]/[带有氢离子的离子或为失去质子的分子,请看例1的说明,注意分子和分母的对象(质子受体与质子供体)必须是一对共轭酸碱,也就是说两者除了相差1个或多个氢离子外其余部分没有两样!最简单的规则:缺质子的在分子,或者缺质子的在上面。
例1。计算赖氨酸的ε-NH3+20%被解离时的溶液PH。[9.9](pKb = 10.53) (原题录入有错,我根据课本原题修正了,这题的解答也有错,我重写了解答) 解:ε-NH+20%被解离, NH3+解离为NH2 + H+, NH3+和NH2+两者中谁的正电荷少,也就是丢掉的H+谁就在分子位置,ε-NH3+20%就是说有20%的ε-NH3+成为了ε-NH2,还剩下80%的ε-NH3+。 那么根据Henderson-Hasselbalch方程: pH=pKa+lg[共轭碱]/[共轭酸] pH=[质子受体]/[质子供体] pH=[氢离子离去后剩下的离子或者分子]/[带有氢离子的离子或为失去质子的分子] pH=10.53+lg[ε-NH2]/[ε-NH3+] pH = 10.53 + lg(0.25) pH = 10.53 -0.6020 pH =9.928 以上是我重写的解答。 网上原来的解答: “pH = pKa + lg20% pH = 10.53 + lg20% = 9.83”,lg20%不对!
例2.酒石酸缓冲溶液的配置(附录缓冲溶液的配制方法小结) 250mmol/LPH=3.0和50mmol/LPH=4.5的酒石酸溶液怎么配制? (本题包括缓冲溶液的配制方法小结全部是由我直接解答) 解:酒石酸是二元酸,但是解离时基本上只考虑一级解离即可,也是用Henderson-Hasselbalch方程, 1)PH=3的250mmol/L的酒石酸缓冲溶液的配制方法: d-酒石酸,pKa1=3.04;pKa2=4.37.
pH=pKa1+lg[C(HA-)/C(H2A)] 3=3.04+lg[C(HA-)/C(H2A)] lg[C(HA-)/C(H2A)]=-0.04 [C(H2A)/C(HA-)]=10^(0.04)=1.0964, 这也就是说只要是同样摩尔浓度的酒石酸溶液和酒石酸钠溶液 按等体积混溶就成为PH=3,你既然要250mmol/L的酒石酸缓冲溶液,那就先配出250mmol/L的酒石酸溶液和250mmol/L的酒石酸钠溶液等体积混溶均匀即可成为PH=3的250mmol/L的酒石酸缓冲溶液。 2)250mmol/L的PH=4.5的酒石酸缓冲溶液的配制方法: pH=pKa1+lg[C(HA-)/C(H2A)] 4.5=3.04+lg[C(HA-)/C(H2A)] lg[C(HA-)/C(H2A)]=1.46 [C(HA-)/C(H2A)]=28.8403 也就是[C(HA-)/C(H2A)]=29/1,即配制时取【酒石酸钠的物质的量(摩尔数)】/【 酒石酸的物质的量(摩尔数)】=29/1.
补充一点:缓冲溶液的配制方法小结:
1.用Henderson-Hasselbalch方程,pH=pKa+lg[C(HA-)/C(H2A)],
算出共轭碱(HA-)与共轭酸(H2A)的物质的量的比例(摩尔数比例)。
2.对于多元弱酸,用Henderson-Hasselbalch方程,共轭酸变为共轭碱永远只取一级电离,也就是共轭碱(HA-)永远只带一个负电荷,因为二级解离要在一级解离的基础上,一般不必考虑。
3.对于多元弱酸,用Henderson-Hasselbalch方程,pKa永远取pKa1。
4.配制时比较简单的完整操作办法:将共轭碱(HA-)与共轭酸(H2A)的物质的量的总量定为1摩尔,并且共轭碱(HA-)与共轭酸(H2A)的物质的量的比例加以换算,是固体则换算成质量,是液体按其占有摩尔比换算成体积。
举例:以第三题为例
“250mmol/L的PH=4.5的酒石酸缓冲溶液的配制方法:
pH=pKa1+lg[C(HA-)/C(H2A)]
4.5=3.04+lg[C(HA-)/C(H2A)]
lg[C(HA-)/C(H2A)]=1.46
[C(HA-)/C(H2A)]=28.8403
也就是[C(HA-)/C(H2A)]=29/1,即配制时取【酒石酸钠的物质的量(摩尔数)】/【 酒石酸的物质的量(摩尔数)】=29/1.”
酒石酸钠的物质的量(摩尔数)+酒石酸的物质的量(摩尔数)=1mol溶质,
这1mol溶质中酒石酸钠的物质的量(摩尔数)是29/30mol,用29/30mol X “酒石酸钠的分子量”=所要的酒石酸钠的质量。
酒石酸是液体,我们用在1mol 溶质中: 酒石酸的物质的量(摩尔数)-----也就是:1/30mol/“酒石酸溶液的摩尔浓度”=酒石酸所需的体积。“酒石酸溶液的摩尔浓度"是指你们实验室的现货酒石酸溶液的摩尔浓度,当然要比最终缓冲溶液浓度大,不然还要先浓缩。
这样,1mol溶质中酒石酸钠和酒石酸就凑齐了,先把两者都放进1L的烧杯中,然后向里注蒸馏水直到总体积到达1L或略少,搅拌均匀,测定PH,可往里面加极少量的酒石酸钠或酒石酸把PH值跳到4.5. 如此,你就有了1L的1mol/L的PH=4.5酒石酸缓冲溶液,然后再稀释到250mmol/L,稀释过程不影响pH值。除非无限稀释,因为那时就要考虑的水的pKa了。 当然,按250mmol溶质算酒石酸钠和酒石酸的用量,然后加蒸馏水定容至1L,不再稀释也可以。
(二)氨基酸和多肽的等电点的计算方法: 1.无论是一个氨基酸,还是N个氨基酸组成的多肽链的等电点计算,就是找氨基酸或者肽链的正电荷和负电荷正好相等的pH。 2.只要给定pH任何的可电离的基团的 pKa大,那么该可电离的基团就必须要交出一个正电荷,也就是氢离子。 3.根据而“(二)2”写出氨基酸或者多肽的解离方程,找出净电荷为零的分子形式,有关的pKa值,题目都会给出。净电荷为零的分子形式的pH值,即正电荷的pKa值+正电荷的pKa值的二分子之一就是等电点值。无论是多肽还是氨基酸都是如此。 4.一般.不使用enderson-Hasselbalch方程,即pH=pKa+lg[共轭碱]/[共轭酸]。
例3。计算谷氨酸的γ-COOH三分之二被解离时的溶液pH。[4.6] 解:γ-COOH三分之二被解离时,质子受体(γ-COO-) 占 2/3,质子供体(γ-COOH)占 1/3. 那么根据Henderson-Hasselbalch方程: pKa = 4.25 pH=pKa+lg[共轭碱]/[共轭酸] pH=pKa+[质子受体]/[质子供体] pH=pKa+[氢离子离去后剩下的离子或者分子]/[带有氢离子的离子或为失去质子的分子] pH=pKa+[质子受体(γ-COO-)]/[质子供体(γ-COOH)] pH = pKa + lg[(2/3)/( 1/3)] pH =4.25 +lg2 pH =4.25+0.30 pH =4.55 以上本题题解由我重新作出。原来的网上答案如下: “pH = pKa + lg2/3% pH = 4.25 + 0.176 = 4.426”,网上原来的答案不对!
例4. 将含有天冬氨酸(pI=2.98)、甘氨酸(pI=5.97)、亮氨酸(pI=6.53)和赖氨酸(pI=5.98)的柠檬酸缓冲液,加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离交换树脂中,随后用爱缓冲液析脱此柱,并分别收集洗出液,这5种氨基酸将按什么次序洗脱下来?[Asp, Thr, Gly, Leu, Lys] 解:在pH3左右,氨基酸与阳离子交换树脂之间的静电吸引的大小次序是减刑氨基酸(A2+)>中性氨基酸(A+)>酸性氨基酸(A0)。因此氨基酸的洗出顺序大体上是酸性氨基酸、中性氨基酸,最后是碱性氨基酸,由于氨基酸和树脂之间还存在疏水相互作用,所以其洗脱顺序为:Asp, Thr, Gly, Leu, Lys。(这题直接从网上摘来,我看没有错也就没有编辑,谢谢解答者)
例5。根据氨基酸的pKa值(请自行查阅生物化学教材),计算下列氨基酸的pI值:丙氨酸、半胱氨酸、谷氨酸和精氨酸。[pI:6.02;5.02;3.22;10.76] 解:写出解离方程,找出净电荷为零的分子形式,有关的pKa值,题目都会给出, pI = 1/2(pKa1+ pKa2) pI(Ala) = 1/2(2.34+9.69)= 6.02 pI(Cys) = 1/2(1.71+10.78)= 5.02 pI(Glu) = 1/2(2.19+4.25)= 3.22 pI(Ala) = 1/2(9.04+12.48)= 10.76 (这题直接从网上摘来,我看没有错也就编辑,谢谢解答者) 具体方法见:王镜岩 主编,生物化学(上),高教出版社,2002,第三版133-135页。
例6.三个lys连在一起,即三肽Lys-Lys-Lys的等电点如何计算?
解:这题不是我原创的,是张来群 等,生物化学习题集,科学出版社,2004,第二版,第4-5页上的。多肽Lys-Lys-Lys分子中有三个侧链可解离基团,等电点时侧链带正电,羧基带负电,由正负电荷相等每个侧链集团带1/3个正电荷(也就是[-NH2]/[-NH3+])
等电点:pH=pK3+lg([-NH2]/[-NH3+])
=10.53+lg([2/3]/[1/3])
=10.53+0.3
=10.83
Lys-Lys-Lys多肽的等电点比任何一个pK数值都高。
例7. 计算多肽的等电点:丙氨酰丙氨酰赖氨酰丙氨酰(末端--COOH pK=3.58,末端NH3+ pK=8.01,ε-NH3+ pK=10.58)。 本题与解答摘自:陈俊辉 等,生物化学习题解析,科学出版社,2001,第二版,p48,p76,p77。 感谢原作者!为了说明清楚,我在原解答中加了一些说明文字。 解:Ala-Ala-Lys-Ala的解离情况如下所示: (+Ala)-Ala-(Lys+)-Ala<--pH=3.58--->+Ala-Ala-(Lys+)-(Ala-)<---pH=8.01-----> Ala-Ala-(Lys+)-(Ala-)<------pH=10.58--->Ala-Ala-Lys-(Ala-) 对于Ala-Ala-(+Lys)-(Ala-),也就是溶液pH范围是:8.01<pH<10.58之间的时候,静电荷正好为零,为什么?因为此时Lysε-NH3+的pK=10.58,相对于溶液pH范围8.01<pH<10.5,此时Lysε-NH3+的pK大约溶液pH,此时Lysε-NH3+拒绝丢掉H+,所以Lysε-NH3+保持不变,净带了一个正电荷;与此同时,而相对于溶液pH范围8.01<pH<10.5,末端---NH3+ (位于Ala,位于哪个具体氨基酸不影响结果)pK=8.01,小于此时的溶液pH范围的下限,所以它只能交出一个H+,变成了---NH2,不带电了。可那个负电荷又从哪里来?别忘了末端--COOH(位于Ala,位于哪个具体氨基酸不影响结果) pK=3.58,也小于此时的溶液pH范围的下限,也不得不交出一个H+,此时--COOH电离为--COO- ,也就是末端羧基净带了一个负电荷。为了表达清楚,带电的氨基酸残基加有括号,氨基酸所带有的电荷一律写在氨基酸符号的右边。 所以,多肽链的等电点形式的两性离子为:Ala-Ala-(Lys+)-(Ala-),那么多肽的等电点就是正好跨过多肽的等电点的两个带电基团的pK值的一半(原理请自行查阅生物化学教材),正好跨过多肽的等电点的两个带电基团及其pK值分别是 :末端NH3+ 的pK=8.01, ε-NH3+ 的pK=10.58, 所以多肽链的等电点pI=(8.01+10.58)/2=9.3.
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