中国科学院06生化与分子最后一题....求助

已知动物培养细胞中的某一基因的表达受紫外线诱导,试设计一些实验来寻找该基因受紫外线调控的顺式作用元件和转录因子.

[s:10] 酵母双杂交系统......?

这是北京还是上海的题呢？？

酵母双杂交系统使用于蛋白质相互作用的。

1。紫外线诱导：有和无的紫外线有关蛋白质和RNA的水平检测-------------对不同状态的细胞粉碎后提取相关的蛋白质和RNA，进行有无和数量的对比，由于不知道是相关的蛋白质和RNA，就做双向电泳，对比有和无的紫外线表达不同的蛋白质；
2。反式因子与顺式元件的相互作用的研究：就是蛋白质与DNA的相互做用，也可以是蛋白质与RNA的相互做用，方法很多---------凝胶阻滞电泳，红外傅立叶，紫外等。
3。确定直接与顺式元件的相互作用后的蛋白质因子（反式因子）后，再用酵母双杂交，噬菌体展示钓取与反式因子相互作用的蛋白质。
4。有关系统生物学的内容（略）。

方法很多，组合起来更多。回答这个问题头两步就够了，作为基因表达调控研究课题来讲要深入做可以到3。4

这样的问题怎没人讨论。。。？

[ 本帖最后由 小裴2007 于 2007-11-27 10:29 编辑 ]

紫外光诱导出的蛋白质很多不是转录因子，所以必须用多出的蛋白质与顺式元件相互作用才能确定。

1。真核细胞有核，所以只要用双向电泳分析对比有和无的紫外线的表达后进入细胞核的蛋白质即可，提取细胞核不难，离心即可，不必全细胞蛋白质组对比；
2。要确定该基因的在哪条染色体上；
3。蛋白质相互作用还可以用分子筛层析、共结晶、NMR等。
4。在找顺式元件时可以使用双向电泳分析对比出的蛋白质与酶切后的DNA片段结合筛选之，根本不结合的先去掉；结合了但是不在一条染色体上的也去掉。剩下的蛋白质不好筛了，再换到DNA上，逐个敲掉与“剩下的蛋白质”可以结合的DNA序列，看细胞对于紫外线的影响。

就这样吧。看来这里的人不感兴趣讨论具体问题。

[ 本帖最后由 花仙子2008 于 2007-11-27 23:09 编辑 ]

上面说的是不知道具体基因的位点和产物的情况，也就是知道有紫外诱导这回事，其余一概不知的实验思路。可能题目（原题我没有见过）没有这么复杂。

如果题意是已知\"这一基因\"的具体位置，那么要简单得多，可以对其同一条的DNA上邻近序列中寻找顺式元件，不必再对基因本身定位了，阻滞电泳和敲除片段都会少多得多。这是还可将这个基因克隆出来，表达出产物，以产物作为指标。

[ 本帖最后由 花仙子2008 于 2007-11-27 23:04 编辑 ]

最后提醒一句：有很少的转录因子是RNA，这就要用电泳方法分离比较核内的功能RNA。至于这种情况的顺式元件就可以用功能RNA的互补序列去钓取了。如果出现特异电泳带，但是比较弥散，可以用PCR。不过作为试题这种情况不必考虑了。

[ 本帖最后由 花仙子2008 于 2007-11-27 23:07 编辑 ]

原题就是这样的，一摸一样哈。。。谢谢大家的讨论，让我受益非浅！