以大学土的身分，张居正不仅没有权力公然颁发指令，甚至不能公开讨论制度的改组。他所采用的方式是用私人函件授意亲信如此如此地向皇帝提出建议。这些建议送到内阁票拟，他就得以名正言顺地代替皇帝作出同意的批复。进入文渊阁以后的第一个皇帝是一个昏庸的君主，对国事既不理解也不关心；第二个皇帝则是小孩子和他的学生。环境和才能加在一起，造成了张居正的权威。但是他还是需要小心从事。帝国的官僚政治已经发展到登峰造极，成千成万的官僚，在维护成宪的名义下保持各方面的平衡，掩盖自己不可告人的私利。要公然宣布改组军事制度，就等于邀请别人对自己攻击。因此张居正不得不采取这种迂回的方式。反正皇帝站在他这一边，不论别人是否识破真相，只要举不出违背成宪的理由，则公开的攻汗和私下的流言都可以不在话下。
　　蓟州军镇的军全改革，按照这样的程序顺利地进行。最初，戚继光建议把北方各镇w万名士兵交给他训练3年工n，由于计划过大，在政治上和技术上都有许多不易解决的问题，因而未能实现。但是中枢政府批准了他的另一项建议，即把他在浙江所训练的一部分士兵调至蓟州，最初员额为脱叫人，以后扩充为2万人F823张居正对戚继光极度信任，企图赋予他以这一军区统筹全局的权力，所以才拟议设立“总理蓟州军务”的官衔，以和其他各军区的“总共湖区别。无奈这一官衔在本朝史无前例，各种议论就纷至沓来，乃不得已而作罢。这一计划不能实现，张居正找出了另一种办法，即把蓟州辖境内的其他高级将领调往别镇，以免遇事掣肘。这时谭纶又建议该区的文官不得干预军事训练，并且主张戚继光在3年的练兵期内可以不受监察官的批评。后者显然又为文官们制造了违反成宪的口实，引起猛烈反对。皇帝的朱笔批示接受了兵部和都察院的建议，要求监察官明白练兵的重要，责成他们“和衷共济”，并把他们对蓟州防区的巡视限为每年一次；对谭纶和戚继光则希望他们“稍宽以文法，乃得自展”。事实上，凡是故意和戚继光为难的文官，后来都被张居正不动声色地陆续迁调。
　　蓟州军开始训练，就接受了优厚的财政接济以购买军马、制造火器及战车。这种和其他军镇的不平等待遇，惹来了大量的反感。接着又有一连串的矛盾跟着产生，诸如北兵和南兵的磨擦、军职的继承者和其他出身者的争执、因循守旧和锐意革新的冲突。张居正了然于这些情况，在他写给谭、戚两个人的私人信件里，再三叮咛他们务必谦恭退让，不要居功自傲。他警告戚继光说，“北人积愤于南兵久矣”，他们“多方罗致，务在挫辱之”，所以“务从谦抑，毋自启海”。有一次蒙古部队打算犯边，就在战事一触即发之际，俺答却放弃了原来的企图，下令掉头北撤。这一出人意外的事件，在张居正看来完全是由于谭、戚二人部署有方，才使俺答踌躇不前；然而邻近的两镇却把功劳据为已有。张居正虽然认为这种冒功邀赏可笑而且可耻，但是他却通知谭纶，他已经以皇帝的名义承认了这两镇的自我吹嘘，他也不让兵部查清事情的真相，以免纠缠争辩。他要求谭纶在奏折中不仅不要争功，反而要把功劳归于其他二镇，使他们“届青使死”。
　　张居正这种做法，表面上是损三益人，具有大政治家的风度；但是仔细研究，却仍是有阴有阳，无助于矛盾的根本解决。那怕是试成二人表现出无以复加的谦抑，各镇之间的利害关系也决不能因此冰消瓦解。因之内阁愈想公正平衡，旁人看来则在一明一暗之间有亲有疏，按担更多。以后反对张居正的人认为蓟州练兵是他培植私人的政治资本，也就毫不足怪了。
　　1577年谭纶病死，从此张居正和戚继光的关系更为密切。第二年张居正返江陵葬父，他还生怕这短期的离职引起成继光的不安，所以特地私下通知戚继光，接任蓟辽总督的将是梁梦龙。信上说；“孤之此行，甚非获巴。……到家事完，即星夜赴阔突。蓟事已托之鸣泉公，渠乃孤之门生，最厚；该不相负。”梁梦龙字鸣泉，在翰林院与张居正有师生之谊。他在万历一朝的事业，也赖张居正的提拔为多。张居正这样倾肠相告，自然使戚继光更加感恩戴德。是以首席大学土的江陵之行，戚继光派出了一整连的鸟镜手作为护卫，张居正选择了其中6名随行，作为象征式的仪仗，同时也表示了首辅和蓟州戚帅关系之密切。兹事前后，蓟州总兵官的传骑携带各种文件和信件不断来往于首辅私巩这更使他们的反对者在日后清算张居正的时候，有所借口，甚至指斥他们图谋不轨了。
　　戚继光在前州创造的战术，可以称之为“步兵军官的各兵种协同”。要对这种战术作出评论，必须顾及他所受到的各种条件的限制。当时，现代化的武器传入不久，而北方士兵的素质又极不理想，他所依靠的主要力量仍然是来自南方的旧部，为数约一个旅左右。他把这一个旅的兵力作了适当的配置，并以此为全军的核心，以防御蒙古的10万铁骑突然来袭。
　　抗倭战争中使用的“鸳鸯阵”，是一种以小股步兵为主的战术，目的在于对付海寇并适应南方的地形特点。而蓟州军镇的任务是防御蒙古的大部队骑兵，因而这种在“鸳鸯阵”的基础上发展而成的新技术也就初具了各兵种协同作战的规模。
　　战车的使用成为这种战术的重要组成部分。这种战车的性能以防御为主。形状和民间的大车相似。所不同之处，在于民间的大车的车箱两侧各有箱板，而这种战车只有8片可以折叠的屏风，共长15尺，平时平放在车辕上，作战时打开树立在一边车轮之后以代车箱，所以又称“偏箱车”。几十辆战车可以并肩衔接，摆成圆形或方形的防御据点。屏风最靠边的两扇可以前后摇摆，有如门叶，以供步兵出入。
　　一辆战车装载“佛朗机”轻炮两门。用今天的标准来看，这种欧洲式的火器只能算做大口径的火枪而不能算做炮。它以青铜或铸铁铸成，长度自3尺至7尺不等，口径则小于2寸，从炮口装入铅弹。最大型的佛朗机，射程为2000尺。通常这种火炮以及辅助火炮的乌铁都在战车上屏风后发射铅弹，屏风开洞以为铝弹的出口。
　　士兵20人配属于战车一辆。其中10人直接附属于战车，任务为施放怫朗机。另外10人就是戚继光所强调的“杀手”，任务为以藤牌、钱把和长柄单刀迎敌。杀手班的距离和战车保持在25尺以内，他们如果前进，战车也随之而推进。
　　其他步兵部队仍然使用鸳鸯阵的战术，稍有差异的是藤牌手应当匍匐前进砍析敌人的马蹄，长枪手则主要在于挑刺敌军使之落马，竹制的狼究有一部分已易为铁制。
　　这一混成旅有骑兵3000人，步兵4000人，重战车128辆，轻战车216辆。迎敌时骑兵在前阻挡敌人，使战车得以有充裕的时间构成战斗队形。当敌军逼近，骑兵就退人战车阵内。敌骑数在一百以下，没成族拒不接战，只有来犯的大批敌验进入火器的射程中约250尺时，佛朗机、乌铁和火箭等才同时施放。
　　混成旅也可能携带重炮，其中之一俗称“大将军”。这种重炮重1000斤，以骡车装运，点放时则需使用大木楔入地面使本身固定。他筒内不用弹丸，而以小铁球和石块紧紧填实，作用是在零距离大量杀伤敌军人马，炮手在点烧火药以后也要跳进附近的工事里以避免受伤。
　　当火器的威力发挥以后，步兵就从战车之后冲出，形成几道攻击波和敌人格斗而以喇叭的声音指挥动作的协同。等到敌人攻势被挫，队形散乱，骑兵也从车后整队出击。这种骑兵实际上是马上步兵，他们同样以鸳鸯阵的队形带着不同的白刃作就蒙古人利用骑兵结队冲锋，以迅猛的力量和气势压倒对手，戚继光未曾仿效。
　　这样一种经过精心研究而形成的战术，由于不久以后本前即与蒙古人和解，所以并没有经过实战的严格考验，也没有在军事历史上发生决定性的影响，从纯粹军事的角度来说，这个结果多少是有所遗憾的。
　　戚继光出任前州总兵不到3年，俺答就放弃了骚扰政策，立誓不再入犯，而且约束所有的部落，以作为接受津贴和互市的条件。其时只有东部土变各部落不受约束，仍然和辽东的李成梁部队不时交锋，偶然也有小股部队和前州军发生接触，但已与大局无关。
　　俺答虽称“封贡”，其和局能否持久，廷臣谁也没有把握。因之及时仍有主战派。如谭纶即主张积蓄力量，作大规模的主动出击，以彻底消灭蒙古人的攻击力量。这样大规模的总体行动，却需要举朝文武真正的协同一致，而且要承担可能发生的风险。因之张居正就无意于采纳谭纶的建议。他给戚继光的信上说：“我不得入，即为上功。蓟门无事，则足下之事已毕。’
　　张居正并不是没有雄心壮志，但是他看得到自己的弱点。即如戚继光在蓟州最大的困难就是北兵与南兵的掺杂。他对南兵可以绳以纪律，并能指挥如意，而对北兵则无法作这样严格的要求。他曾经打算以经过他训练的官兵作教导队，去训练其他部队，此事未能如愿。他又要求再调两万名浙兵，也未被批准，而此时仍有南北兵间极不相容的情况，可见他的处境不佳。
　　边境的战争既然暂时平息，练兵活动也不再像在南方的时候那么紧张，戚继光于是提议派遣北兵修筑长城。北京一带的“边墙”原为明初大将徐达等所筑。戚继光建议增造“空心堡垒”，以增加防御功能。他最初计划以250人组成一个工兵营，每营在一年内建造堡垒70座。蓟州全境内建造的堡垒总数原定为3000座，后来批准施工的为1200座，同时修造的时间也未如原议，竟绵延十载才全部竣工。这种筑成的堡垒，其标准规格为3层，台预见方12尺，可驻守班一50名士兵。建筑材料砖石灰泥等等大部由从事修筑的北兵自制，政府只发给少数款项作为接济。筑成以后，经常驻守的任务由南兵担任，北兵由于购项不足，只能以各种方式营生自给。全部提案遭到北方军官强烈反对，只是由于张居正的全力支持才开工修筑如议。张居正去世以后，他一生的经营大部付之流水，惟有在这边墙上林立的堡垒才是他留下的永久性的贡献。
　　这种营造和防御政策，把兵力分散配备在这样长的防御线上，归根结底仍由当时的供应制度所迫致。假使没有这种情形，而戚继光有选择的自由，他一定会毫不犹豫地采取攻势，创造流动性的战术。他在留下的诗文中曾再三表示过这种愿望。
　　戚继光任蓟州总兵前后达15年，等于他前任10人任期的总和。他是一个不知疲倦的人，喜爱操练、阅兵、举行各种典礼和向部下训活。这些活动使他有机会在全军将士面前显示他体格强壮，动作敏捷。在对部下将领讲解各种近战武器的利弊时，他有一次当场命令一个下级军官用军刀对他作攻击，而他则持长枪防御。他经常巡视各部，一次驰马到长城以外20里，周围没有一个侍卫。他还亲自攀着是绍登上设在绝壁上的观察所。身为高级将领还具备这样的体力与作风足使他引以自豪。
　　在繁忙的军务之中，他还抽空写作他的军事著作和诗文。他的第二部军事著作题为《练兵实纪》刊印于1571年。9年之后又刊印了他的诗文集《止止堂集》。
　　中国的古典诗歌，如果用冲淡自然的语言表现出深切或激动的情绪，就谓之含蓄；如果用棱角分明的粗线条勾画出不受拘束的气概，则谓之豪放。戚继光的诗歌达不到这样的境界，带给读者的感觉只是拘束和平庸。好在也没有人用上述的标准来权量诗人戚继光。一般看来，出身于武举的将领，大半生都在戎马位饱之中，能够写出这样的作品也就是出类拔萃。即在当代高级将领之中，除了“少好读书”的俞大献之外，戚继光的文章造诣已无与伦比。在平常的谈话中，他可以随口引用儒家的经典和史书上的教训，以此，文官们对他刮目相看，认为他不是樊哈式的武人。等到他的官阶越来越高，就有更多的文官把他引为同类，在一起饮酒赋诗，往来酬对。当时的文苑班头王世贞和戚继光的交情就非同泛泛，在他的文集中有两篇赠送给戚帅的寿序，并且还为《纪效新书》和《止止堂集》作序。