各位前辈请指点迷津，万分感谢！

        我本科读的是物流管理专业，现在想报考东南大学系统工程专业，系统工程下设有“供应链与物流管理“研究方向，且初试科目都是我们本科阶段学过的运筹学，请问这叫跨专业吗

不懂帮顶，既然楼主本科都学过主干课程，应该可以报考

工学（学科门类）---控制科学与工程（一级学科）又称自动化---系统工程、双控、模式等（二级学科）

而你本科学的“物流管理"应该属于管理学（学科门类）

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至于是否属于”跨专业“，不同学校的规定不一样。由于自动化专业的系统工程本身就属于交叉学科研究方向，很多学校认为管理学考这个方向不算跨专业。建议仔细看看拟报考院校的招生简章、招生目录。
如果拟报考院校没有”不准跨考“的限制，大可放心去考。管理学学士+工学硕士，或者工学学士+管理学硕士都是很常见的。。而且运筹学你也学过。